Nesta área originalmente desabitada (o Ager Vaticanus), do lado oposto do Rio Tibre na cidade de Roma, Agripina (14 a.C. - 18 de outubro de 33 d.C.) drenou o morro e arredores e construiu seus jardins no início da século I d.C..
O imperador Calígula (37-41) iniciou a construção de um circo (40 d.C.), que mais tarde foi completada por Nero, o Circus Gaii et Neronis, mais conhecido simplesmente como o Circo de Nero.
O obelisco do Vaticano foi originalmente tomado por Calígula a partir de Heliópolis, Egito, para decorar a coluna de seu circo e é, portanto, o seu último vestígio visível. Esta área se tornou o local do martírio de muitos cristãos, depois do Grande incêndio de Roma, em 64 d.C.
A tradição antiga afirma que foi nesse circo que São Pedro foi crucificado de cabeça para baixo. Em frente ao circo havia um cemitério, sendo separados pela Via Cornelia. Monumentos funerários, mausoléus e túmulos, bem como pequenos altares a deuses pagãos de todos os tipos de religiões politeístas, eram construídos até a construção da Basílica de Constantino de São Pedro, na primeira metade do século IV.
Os vestígios desta antiga necrópole foram trazidos à luz esporadicamente durante renovações por vários papas ao longo dos séculos, aumentando sua frequência durante a Renascença, até que foram sistematicamente escavadas por ordem de Papa Pio XII entre 1939-1941.