Honduras foi descoberta em 1500 depois de Cristo, por Cristóvão Colombo, em sua quarta viagem. Colombo encontrou um território marcado pela presença da civilização maia, e só após um período de guerra contra os índios (1523-1539) é que os Espanhóis conseguiram assegurar o controle da colônia, que, a partir de 1570, passou a estar sob a administração geral da Guatemala (também colônia espanhola).
Com a independência da Espanha, em 1821, tornou-se parte do império de Augustín de Iturbide. As Honduras lideraram, a partir de 1824, a União ou República Federal das Províncias Unidas da América Central até 1838, ano em que se retiraram daquela federação, proclamando a total independência de Honduras a 5 de Novembro daquele ano. A situação de Estado independente data de quando a união se rompeu e uma ininterrupta sucessão de caudilhos dominou o país no restante do século XIX.
Em 1979, a América Central passou a viver um período de forte instabilidade provocada pelas guerras civis na Nicarágua e em El Salvador. Em 1982, uma nova constituição, apoiada pelos EUA, almejava o aumento da atividade democrática. Como condição para o apoio norte-americano, no entanto, o país forneceu a base para os "contra" da Nicarágua. O país foi incluído, em 1983, nos planos de defesa da região proposto pelos EUA, servindo de base para treinamento de soldados, mas em 1984 o governo pediu revisão do Tratado de Aliança com esse país.