Além da bandeira da Ordem de Cristo, as embarcações lusas usavam uma outra bandeira: a Bandeira Real. Essa Bandeira foi criada durante o reinado de D. João II, o Príncipe Perfeito desde (1481- 1485). Organizador da viagem ao Cabo Boa Esperança foi em seu reinado que o tratado de Tordesilha foi assinado com a Espanha, dividindo o mundo em dois hemisférios. Esse escudo, presença marcante nas Bandeiras até a nossa independência e na bandeira portuguesa da atualidade e vermelha com castelos amarelos e no centro um campo branco seguindo a forma do escudo, com cinco escudetes azuis em cruz. Nesses pequenos escudos azuis estão representado cinco besantes em branco.