D. João IV faleceu em 1656 e a coroa foi dada a seu filho, Afonso VI, que só assumiu o trono um ano após sua maioridade, em 1662. Em 1667, seu irmão, D. Pedro II convenceu-o a abdicar a seu favor e passou a governar Portugal como Regente. Como símbolo de sua Regência, D. Pedro criou uma nova bandeira, chamada de Bandeira de D. Pedro II Regente. Até a morte de seu irmão em 1683, adotará essa bandeira como forma de distinção em relação à bandeira utilizada por seu irmão. Assumindo o trono real, D. Pedro II adotou uma nova bandeira: a Bandeira de D. Pedro II Imperador. Essa bandeira possui o escudo real encimado pela coroa real fechada, mas com uma nova forma. Esses elementos foram colocados em um campo verde.

Esta bandeira presenciou o apogeu de epopéia bandeirante, que tanto contribuiu para nossa expansão territorial. É interessante atentar para a inclusão do campo em verde (retângulo), que voltaria a surgir na Bandeira Imperial e foi conservado na Bandeira atual, adotada pela República.